ตามที่โรงเรียนสาธิตจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ฝ่ายมัธยม มีพันธกิจในการบุกเบิกบูรณาการองค์ความรู้ วิจัยและพัฒนา เพื่อสร้างสรรค์นวัตกรรมและผลงานทางวิชาการในระดับชาติ/ภูมิภาคและนานาชาติ จึงได้มีการจัดตั้งศูนย์นวัตกรรม โรงเรียนสาธิตจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ฝ่ายมัธยม ขึ้นตั้งแต่ ปีการศึกษา 2560 โดยมีการส่งเสริม สนับสนุนให้นักเรียนสร้างสรรค์นวัตกรรม รวมถึงการวิจัยต่าง ๆ อันก่อให้เกิดองค์ความรู้ใหม่ อันจะนำไปสู่การพัฒนาสังคมอย่างยั่งยืน โดยมีรายนามหัวหน้าศูนย์นวัตกรรม โรงเรียนสาธิตจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ฝ่ายมัธยม ดังนี้
ปีการศึกษา 2560-2561 อ.ดร.ภัทรภร เจนสุทธิเวชกุล
ปีการศึกษา 2562-2563 ผศ.ดร.นาถวดี นันทาภินัย
ปีการศึกษา 2564 อ.ทัศนีย์ ศรีพิพัฒน์
ปีการศึกษา 2565-2567 อ.ศิรดา ทองเชื้อ
ปีการศึกษา 2568 ถึงปัจจุบัน อ.พริ้วฝน เทียนศรี